Kann es sein, dass Windows beim Defragmentieren abbricht, wenn währenddessen öfters auf das Laufwerk geschrieben wird? Nur so ne Vermutung. Ich hab länger nicht mehr defragmentiert, unter Linux ist das irgenwie nicht nötig... Naja, soll er dir halt nen Screenshot von der Fehlermeldung machen (alt-druck und in paint einfügen) und zuschicken, dann weißt du mehr.
Eine "komisch brummender Festplatte" könnte natürlich auch massives Swappen sein, oder ein lange dauernder Indexdienst bzw. beides gleichzeitig.