Matroska ist halt deswegen so toll, weil es ein freies / offenes Format ist. Da steht niemand mit Patenten dahinter, der evtl. die Hand offen hält. Das Format ist öffentlich dokumentiert, sogar der Quellcode eines Parsers steht zur Verfügung. Nachteilig für die Industrie ist vielleicht, dass da keine Firma mit Supportverträgen hintersteht (oder dass die Autoren wahrscheinlich kein Interesse an DRM-Geraffel haben).
Technisch vorteilhaft ist es u.a. weil es relativ kleine Dateien erzeugt (wenig Overhead), streaming unterstützt wird (im Gegensatz zu z.B. avi), sogar DVD-ähnliche Menüs werden unterstützt. An Bild- oder Ton-Qualität kann ein Containerformat natürlich überhaupt nichts bringen, da man die meisten Kombinationen von Video- und Audiostreams auch in andere Container (avi, mp4, mpg, wmv, mov, ogm, ...) packen kann. Nur wird dann die Datei evtl. ein bis zwei Prozent größer, oder es lässt sich nicht mehr streamen, oder es werden evtl. Patente verletzt, oder die Datei kann nicht unter jedem Betriebssystem abgespielt werden, oder Subtitles sind nur eingeschränkt möglich, etc pp.
Selber benutzt hab ich Matroska aber auch noch nicht
Zum ursprünglichen Problem: Fragt VLC nicht bei der Installation, ob alle Video-Dateien damit verknüpft werden sollen?